現在看到的冬菇亭並非傳統模樣， 2004 年起領展以活化之名，開始翻新並整治僭建物，繼而提升資產價值。升級後的冬菇亭租金大幅上漲，對商户的要求亦愈來愈嚴格，漸漸形成檔主與業主的抗衡。
愛民邨作為香港首個面世的冬菇亭，有檔主曾因不滿改建規劃而選擇離場。當時領展要求熟食店拆除店外簷蓬，否則不予續約。不少老闆反映移走簷蓬後會大幅減少經營空間，生意難做，亦有已經營四十餘年的老闆寧願結業離場以示抗議。
新式冬菇亭為求舒適環境而改建成室內冷氣的空間，然而對於擁有大牌檔牌照的熟食檔主並非好消息。他們需重新領食肆牌照，並負擔龐大裝修費用，方能繼續營運，無奈下最終宣布結業。
選擇留下或重新承租的檔主亦未必順利面對過渡期，例如有檔主意欲承租新田圍邨被荒廢十多年的冬菇亭，便需自負二百萬裝潢費，開店數個月後仍每月虧損數萬元。
現時的冬菇亭不再以熟食亭為主，有些變身成 7-11 便利店，冬菇亭再不是價廉物美的形象。已在彩雲邨丟空近四年的冬菇亭，領展曾翻新過亭內電力設施以及水管道，但招標四次仍無人問津。於 2020 年改建成基督教教會中心並營運至今，以仿希臘風格裝潢，除了因應福音故事與符合教會形象，亦因領展要求美觀及配合環境，並願意提供相宜租金，教會才選擇進駐該處。
翻新的本意，本應推陳岀新，令冬菇亭用新面貌提供更優質環境予食客，讓老闆以長期的經營為目標，業主亦有所得益，但實際上卻本末倒置。冬菇亭不再以街坊食堂、價廉物美為特色，加上近四至六萬的高昂月租，商用租賃亦乏人問津。
目前仍有營運的冬菇亭已不足二十五個，作為香港人回憶與文化遺產，究竟能否倖免於時代與霸權的巨輪？
